標志性特點是溫和反應法合成多肽，一般可分為單純氮氣鼓泡和搖動式兩種。 PS3的設計原理是采用氮氣鼓泡的反應方式來對反應物進行攪拌，即合成儀上反應器是固定的，氮氣從反應器的下方通過反應器到上部排出，在這一過程中產(chǎn)生的汽泡把固相和液相混合起來。這樣設計的好處是結(jié)構(gòu)簡單，成本低，但反應相對溫和：1）有時候(多肽液相合成)多肽-固相載體在靜電作用下會“抱團”，使其不能與液相充分混合，在這種情況下需要調(diào)高氮氣的壓力以消除靜電作用；而在靜電作用消除后要把壓力立刻調(diào)低，不然的話較高的壓力會把多肽-固相載體“吹”到反應器液面上方。由于多肽-固相載體具有較強的粘壁性，一旦被粘到反應器液面上方就再也無法下來，也就是無法再參加反應。顯然**代機器是無法自動作這樣的壓力調(diào)整的，這就是造成反應“死角”的重要原因。反應死角會降低多肽合成(多肽液相合成)的效率和多肽的純度，有的甚至造成合成的失敗。2）長時間氮氣鼓泡會使溶液揮發(fā)，液面降低后一部分多肽-固相載體就粘在液面上方，也無法再參加反應。3）氮氣消耗量大，運行成本增大。

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